Entre as principais organizações e entidades parceiras no trabalho direto do CAPA Marechal Cândido Rondon estão:
- Acempre, Copercam, Coperfam, Coafaso (organizações de agricultoras e de agricultores).
- Cooperativa de assistência técnica Biolabore e Instituto Emater (PR).
- Itaipu Binacional.
- Prefeituras de Marechal Cândido Rondon, Mercedes, Missal, Foz do Iguaçu e Ramilândia.
- Universidade Estadual do Oeste do Paraná (Unioeste) e
- Universidade Estadual de Maringá (UEM)
- Instituto Agronômico do Paraná (Iapar) e Embrapa (entidades de pesquisas).