O Conselho do CAPA Pelotas é composto de representantes da Igreja Evangélica de Confissão Luterana no Brasil e de grupos de agricultoras e de agricultores. Neste momento, integram o conselho:
- Andreia Norenberg
- Cleidier da Cunha Menegoni
- Fábio Steinert
- Guenther Riechel
- Juliana Soares
- Mariléia Schellin
- Roili Borchardt
- Zilmar Caetano de Almeida