O Conselho do CAPA Pelotas é composto de representantes da Igreja Evangélica de Confissão Luterana no Brasil e de pessoas indicadas pelo público beneficiário. Neste momento, integram o conselho:
- Roili Borchardt, pastora sinodal, Sínodo Sul-Riograndense
- Dietmar Teske, presidente, Sínodo Sul-Riograndense/Comunidade Esperança da Paróquia da IECLB Emanuel de Cerrito Alegre
- Fábio Steinert, vice-presidente, Sínodo Sul-Riograndense/Pastor Paróquia Emanuel de Cerrito Alegre
- Andreia Norenberg, secretária, Organização de Público Beneficiário/Associação Arpa-Sul
- Cleidier da Cunha Menegoni, Organização de Público Beneficiário/Cooperativa União Canguçu
- Denise Peter Pokojewski, Sínodo Sul-Riograndense/Comunidade Bom Jesus do Monte Bonito da Paróquia da IECLB
- Zilmar Caetano de Almeida, Sínodo Sul-Riograndense/Comunidade Pinheirinhos da Paróquia da IECLB Barranco – São Lourenço do Sul