O Conselho do CAPA Pelotas é composto de representantes da Igreja Evangélica de Confissão Luterana no Brasil e de pessoas indicadas pelo público beneficiário. Neste momento, integram o conselho:
- Andreia Norenberg
- Cleider da Cunha Menegoni
- Denise Peter Pokojewski
- Dietmar Teske
- Fábio Steinert (Presidente)
- Roili Borchardt
- Zilmar Caetano de Almeida