O Conselho do CAPA Pelotas é composto de representantes da Igreja Evangélica de Confissão Luterana no Brasil e de grupos de agricultoras e de agricultores. Neste momento, integram o conselho:
- Tiago Klug
- Denise Peter Pokojewski
- Simone Hax Amaral
- Amilton Strelow
- Loro Natal Bender Bosembecker
- Roili Borchardt