O Conselho do CAPA Santa Cruz do Sul é composto por representantes do Sínodo Centro Campanha Sul e Vale do Taquari, da Igreja Evangélica de Confissão Luterana no Brasil(IECLB). A atual gestão é integrada por:
- Gilciney Tetzner, pastor sinodal, presidente, Sínodo Vale do Taquari
- Álvaro Armando Lüttjohann, Sínodo Centro Campanha Sul
- Bruno Ari Bublitz, Sínodo Centro Campanha Sul
- Claire Valmi Schlabitz, Sínodo Vale do Taquari
- Cláudio Mário Hennig, Sínodo Centro Campanha Sul
- Teomilda Etgeedon, Organização de Público Beneficiário/Grupos de Saúde Comunitária
- Teresinha Weber, Organização de Público Beneficiário/Cooperativa Ecovale
- Sidemia Tigemann Michel, Sínodo Vale do Taquari