O CAPA Santa Cruz foi criado pelo Concílio Regional, da Região Eclesiástica IV (RS) da Igreja Evangélica de Confissão Luterana no Brasil (IECLB), em 1981, tenho como motivação bíblica João 10.10: “Eu vim para que todos tenham vida, e vida em abundância.”
Com a criação do CAPA, a IECLB entendeu estar firmando um gesto concreto de contribuição em favor da promoção da justiça social no Brasil. O CAPA Santa Cruz iniciou suas atividades em 1982, como CAPA Região IV. Mais tarde, aconteceu o desdobramento da Região IV em Região IV e Região VI e o CAPA Região IV passou a se estruturar em dois núcleos: Santa Cruz e área Sul do Rio Grande do Sul, atual CAPA Pelotas.
Atualmente o núcleo Santa Cruz está ligado e atua em dois sínodos vinculados à IECLB: Centro Campanha Sul e Vale do Taquari.Está sediado em Santa Cruz do Sul, com uma extensão no Vale do Taquari, e tem como abrangência geográfica os vales do Jacuí, Rio Pardo e Taquari.